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bacteria:t3e:t3e [2020/07/08 17:34]
rkoebnik [Table] 		— (current)
Line 1: Line 1:
-====== Type III effectors ====== 
- 
-[[:bacteria:t3e:effector_reviews|Review papers on type III effectors]] 
- 
-[[:bacteria:t3e:t3e_template|Empty template]] - [[:bacteria:t3e:xopau|Example 1: XopAU]] - [[:bacteria:t3e:xopb|Example 2: XopB]] 
- 
-^ Class    ^ Family                           ^ Synonyms                                        ^ Related proteins                                      ^ RefSeq ID                                                                                                                                    ^ Function / Features                                                                                                                                          ^ 
-| AvrBs1   | [[:bacteria:t3e:avrbs1|AvrBs1]]  |                                                 | AvrA                                                  | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_637464.1|NP_637464.1]]                                                                             |                                                                                                                                                              | 
-| AvrBs2   | [[:bacteria:t3e:avrbs2|AvrBs2]]  |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_635447.1|NP_635447.1]] \\  [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011035310.1|WP_011035310.1]]  | [[http://pfam.xfam.org/family/PF03009.17|Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family]]                                                                | 
-| AvrBs3   | [[:bacteria:t3e:avrbs3|AvrBs3]]  | PthA, PthB, PthN, PthXo, AvrXa7, AvrXa27, TALE  |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/P14727.2|P14727.2]] \\  [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011052943.1|WP_011052943.1]]        | [[http://pfam.xfam.org/family/PF03377.13|TAL effector repeat]]; Transcription activator in eukaryotic host cell; Nuclear localization                        | 
-| XopB     | [[:bacteria:t3e:xopb|XopB]]      |                                                 | HopD1 (HopPtoD1, AvrPphD1)                            | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_039417318.1|WP_039417318.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | 
-| XopC     | [[:bacteria:t3e:xopc|XopC1]]     |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/CAJ24112.1|CAJ24112.1]] \\  [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_046935566.1|WP_046935566.1]]    | Phosphoribosyl transferase domain; [[http://pfam.xfam.org/family/PF13419.6|Haloacid dehalogenase-like hydrolase]]                                            | 
-| XopC     | [[:bacteria:t3e:xopc|XopC2]]     |                                                 | RSp1239                                               | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_041183113.1|WP_041183113.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | 
-| XopD     | [[:bacteria:t3e:xopd|XopD]]      |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346109.1|WP_011346109.1]] \\  FIXME                                                             | C48-family SUMO cysteine protease ([[http://pfam.xfam.org/family/PF02902.19|Ulp1 protease family]]); EAR motif; DNA binding; Nuclear localization            | 
-| XopE     | [[:bacteria:t3e:xope1|XopE1]]    | AvrXacE1                                        | HopX (AvrPphE)                                        | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011345998.1|WP_011345998.1]]                                                                       | Putative transglutaminase                                                                                                                                    | 
-| XopE     | [[:bacteria:t3e:xope2|XopE2]]    | AvrXacE3, AvrXccE1                              | HopX (AvrPphE)                                        | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011347479.1|WP_011347479.1]]                                                                       | Putative transglutaminase                                                                                                                                    | 
-| XopE     | [[:bacteria:t3e:xope3|XopE3]]    | AvrXacE2                                        | HopX (AvrPphE)                                        | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011052114.1|WP_011052114.1]]                                                                       | Putative transglutaminase                                                                                                                                    | 
-| XopE     | [[:bacteria:t3e:xope4|XopE4]]    |                                                 | Putative HopX (AvrPphE)                               | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/EFF46466.1|EFF46466.1]]                                                                               |                                                                                                                                                              | 
-| XopE     | [[:bacteria:t3e:xope5|XopE5]]    |                                                 | Putative HopX (AvrPphE)                               |                                                                                                                                              | Putative transglutaminase                                                                                                                                    | 
-| XopF     | [[:bacteria:t3e:xopf|XopF1]]     | Hpa4                                            |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346095.1|WP_011346095.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | 
-| XopF     | [[:bacteria:t3e:xopf|XopF2]]     |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_046934774.1|WP_046934774.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | 
-| XopF     | [[:bacteria:t3e:xopf|XopF3]]     |                                                 |                                                       |                                                                                                                                              |                                                                                                                                                              | 
-| XopG     | [[:bacteria:t3e:xopg|XopG1]]     |                                                 | HopH (HopPtoH), HopAP                                 | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346758.1|WP_011346758.1]]                                                                       | [[http://pfam.xfam.org/family/PF14891.6|Peptidase_M91 superfamily]]; HEXXH motif, typical of zinc metallopeptidases                                          | 
-| XopG     | [[:bacteria:t3e:xopg|XopG2]]     |                                                 | HopH (HopPtoH), HopAP                                 |                                                                                                                                              |                                                                                                                                                              | 
-| XopG     | [[:bacteria:t3e:xopf|XopG3]]     |                                                 | HopH (HopPtoH), HopAP                                 |                                                                                                                                              |                                                                                                                                                              | 
-| XopH     | [[:bacteria:t3e:xoph|XopH1]]     | AvrBs1.1                                        | HopAO1 (HopPtoD2)                                     | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_074038421.1|WP_074038421.1]]                                                                       | [[http://pfam.xfam.org/family/PF14566.6|Protein tyrosine phosphatase-like phytase]]                                                                          | 
-| XopH     | [[:bacteria:t3e:xoph|XopH2]]     | AvrBs1.1                                        | HopAO1 (HopPtoD2)                                     |                                                                                                                                              |                                                                                                                                                              | 
-| XopI     | [[:bacteria:t3e:xopi|XopI1]]     |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346406.1|WP_011346406.1]]                                                                       | [[http://pfam.xfam.org/family/PF00646.33|F-box domain]]                                                                                                      | 
-| XopI     | [[:bacteria:t3e:xopi|XopI2]]     |                                                 |                                                       |                                                                                                                                              |                                                                                                                                                              | 
-| XopJ     | [[:bacteria:t3e:xopj1|XopJ1]]    |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011347382.1|WP_011347382.1]]                                                                       | [[http://pfam.xfam.org/family/PF03421.16|Ser/Thr acetyltransferase]]                                                                                         | 
-| XopJ     | [[:bacteria:t3e:xopj2|XopJ2]]    | AvrBsT                                          | HopZ2                                                 | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_074052319.1|WP_074052319.1]]                                                                       | [[http://pfam.xfam.org/family/PF03421.16|Ser/Thr acetyltransferase]]                                                                                         | 
-| XopJ     | [[:bacteria:t3e:xopj3|XopJ3]]    | AvrRxv                                          |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346137.1|WP_011346137.1]]                                                                       | [[http://pfam.xfam.org/family/PF03421.16|Ser/Thr acetyltransferase]]                                                                                         | 
-| XopJ     | [[:bacteria:t3e:xopj4|XopJ4]]    | AvrXv4                                          | PopP1                                                 | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_008572727.1|WP_008572727.1]]                                                                       | [[http://pfam.xfam.org/family/PF03421.16|Ser/Thr acetyltransferase]]                                                                                         | 
-| XopJ     | [[:bacteria:t3e:xopj5|XopJ5]]    | AvrXccB                                         |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_075287867.1|WP_075287867.1]]                                                                       | [[http://pfam.xfam.org/family/PF03421.16|Ser/Thr acetyltransferase]]                                                                                         | 
-| XopJ     | [[:bacteria:t3e:xopj6|XopJ6]]    |                                                 |                                                       |                                                                                                                                              |                                                                                                                                                              | 
-| XopK     | [[:bacteria:t3e:xopk|XopK]]      |                                                 |                                                       |  [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_027703763.1|WP_027703763.1]]                                                                      |                                                                                                                                                              | 
-| XopL     | [[:bacteria:t3e:xopl|XopL]]      |                                                 |                                                       |  [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011039250.1|WP_011039250.1]]                                                                      | LRR protein                                                                                                                                                  | 
-| XopM     | [[:bacteria:t3e:xopm|XopM]]      |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346113.1|WP_011346113.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | 
-| XopN     | [[:bacteria:t3e:xopn|XopN]]      |                                                 | HopAU1                                                | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011348010.1|WP_011348010.1]]                                                                       | ARM/HEAT repeat                                                                                                                                              | 
-| XopO     | [[:bacteria:t3e:xopo|XopO]]      |                                                 | HopK1 (HopPtoK, HolPtoAB) N-terminal domain, AvrRps4  | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346566.1|WP_011346566.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | 
-| XopP     | [[:bacteria:t3e:xopp|XopP]]      |                                                 | Hlk                                                   | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_104613784.1|WP_104613784.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | 
-| XopQ     | [[:bacteria:t3e:xopq|XopQ]]      |                                                 | HopQ1 (HolPtoQ), RipB                                 | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011349176.1|WP_011349176.1]]                                                                       | [[http://pfam.xfam.org/family/PF01156.19|Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase]]                                                                   | 
-| XopR     | [[:bacteria:t3e:xopr|XopR]]      |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011260681.1|WP_011260681.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | 
-| XopS     | [[:bacteria:t3e:xops|XopS]]      |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_039418869.1|WP_039418869.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | 
-| XopT     | XopT                             |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_075242412.1|WP_075242412.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | 
-| XopU     | XopU                             |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_042465048.1|WP_042465048.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | 
-| XopV     | [[:bacteria:t3e:xopv|XopV]]      |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011409498.1|WP_011409498.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | 
-| XopW     | XopW                             |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_012443642.1|WP_012443642.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | 
-| XopX     | [[:bacteria:t3e:xopx|XopX]]      |                                                 | HopAE1 (HolPsyAE)                                     | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_029818523.1|WP_029818523.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | 
-| XopY     | [[:bacteria:t3e:xopy|XopY]]      |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_113013931.1|WP_113013931.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | 
-| XopZ     | [[:bacteria:t3e:xopz|XopZ1]]     |                                                 | HopAS1                                                |                                                                                                                                              |                                                                                                                                                              | 
-| XopZ     | [[:bacteria:t3e:xopz|XopZ2]]     |                                                 |                                                       |                                                                                                                                              |                                                                                                                                                              | 
-| XopAA    | XopAA                            | Ecf                                             | HopAE1 (HolPsyAE)                                     | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_041855088.1|WP_041855088.1]]                                                                       | Early chlorosis factor; Proteasome/cyclosome repeat                                                                                                          | 
-| XopAB    | XopAB                            |                                                 | weakly related to XopN                                | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_080496267.1|WP_080496267.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | 
-| XopAC    | [[:bacteria:t3e:xopac|XopAC]]    | AvrAC                                           |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011269629.1|WP_011269629.1]]                                                                       | LRR; [[http://pfam.xfam.org/family/PF02661.18|Fic/DOC family]]; Vascular hypersensitivity in //Arabidopsis// landrace Col-0                                  | 
-| XopAD    | [[:bacteria:t3e:xopad|XopAD]]    |                                                 | RSc3401                                               | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_129593164.1|WP_129593164.1]]                                                                       | SKWP repeat protein                                                                                                                                          | 
-| XopAE    | [[:bacteria:t3e:xopae|XopAE]]    | HpaF/HpaG                                       | PopC                                                  | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011257061.1|WP_011257061.1]]                                                                       | [[http://pfam.xfam.org/family/PF13855.6|LRR]] protein                                                                                                        | 
-| XopAF    | [[:bacteria:t3e:xopaf|XopAF1]]   | AvrXv3                                          | HopAF1 (HopPtoJ)                                      | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_008577605.1|WP_008577605.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | 
-| XopAF    | [[:bacteria:t3e:xopaf|XopAF2]]   | AvrXv3                                          | HopAF1 (HopPtoJ)                                      |                                                                                                                                              |                                                                                                                                                              | 
-| XopAG    | [[:bacteria:t3e:xopag|XopAG]]    | AvrGf1                                          | HopG1 (HopPtoG), HolPtoW                              | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_080633702.1|WP_080633702.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | 
-| XopAH    | [[:bacteria:t3e:xopah|XopAH]]    | AvrXccC                                         | AvrB/AvrC (AvrPphC)                                   | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_050912223.1|WP_050912223.1]]                                                                       | [[http://pfam.xfam.org/family/PF05394.11|AvrB/AvrC-family avirulence protein]]                                                                               | 
-| XopAI    | [[:bacteria:t3e:xopai|XopAI]]    |                                                 | HopO1 (HopPtoO, HopPtoS), HopAI1 (HolPtoAI)           | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011052119.1|WP_011052119.1]]                                                                       | Putative <sup>[[http://pfam.xfam.org/family/PF01129.18|NAD(P)+]]</sup>  [[http://pfam.xfam.org/family/PF01129.18|-protein-arginine ADP-ribosyltransferase]]  | 
-| XopAJ    | [[:bacteria:t3e:xopaj|XopAJ]]    | AvrRxo1                                         |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_014504815.1|WP_014504815.1]] \\  FIXME                                                             |                                                                                                                                                              | 
-| XopAK    | [[:bacteria:t3e:xopak|XopAK]]    |                                                 | HopK1 (HopPtoK, HolPtoAB) C-terminal domain           | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_033837133.1|WP_033837133.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | 
-| XopAL    | [[:bacteria:t3e:xopal1|XopAL1]]  |                                                 | Eop3                                                  | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011036441.1|WP_011036441.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | 
-| XopAL    | [[:bacteria:t3e:xopal2|XopAL2]]  |                                                 | Eop3                                                  |                                                                                                                                              |                                                                                                                                                              | 
-| XopAM    | XopAM                            |                                                 | HopR1                                                 | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011036289.1|WP_011036289.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | 
-| XopAN    | XopAN                            |                                                 |                                                       |                                                                                                                                              |                                                                                                                                                              | 
-| XopAO    | XopAO                            |                                                 | AvrRpm1                                               | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/EGD20072.1|EGD20072.1]]                                                                               |                                                                                                                                                              | 
-| XopAP    | [[:bacteria:t3e:xopap|XopAP]]    |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_039417385.1|WP_039417385.1]]                                                                       | [[http://pfam.xfam.org/family/PF01764.25|Class-3 lipase]]                                                                                                    | 
-| XopAQ    | [[:bacteria:t3e:xopaq|XopAQ]]    |                                                 | Rip6/Rip11                                            | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_006450400.1|WP_006450400.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | 
-| XopAR    | XopAR                            |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_005994454.1|WP_005994454.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | 
-| XopAS    | XopAS                            |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_081376520.1|WP_081376520.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | 
-| XopAT    | XopAT                            |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/AEL06363.1|AEL06363.1]]                                                                               |                                                                                                                                                              | 
-| XopAU    | [[:bacteria:t3e:xopau|XopAU]]    |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_041855031.1|WP_041855031.1]]                                                                       | Serine/threonine kinase; [[http://pfam.xfam.org/family/PF00069.25|Protein kinase domain]]                                                                    | 
-| XopAV    | XopAV                            |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_065628638.1|WP_065628638.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | 
-| XopAW    | [[:bacteria:t3e:xopaw|XopAW]]    |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011348129.1|WP_011348129.1]]                                                                       | Calcium-binding protein; [[http://pfam.xfam.org/family/PF13499.6|EF-hand domain pair]]                                                                       | 
-| XopAX    | XopAX                            |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011345694.1|WP_011345694.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | 
-| XopAY    | XopAY                            |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_015462941.1|WP_015462941.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | 
-| XopAZ    | XopAZ                            |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011050866.1|WP_011050866.1]]                                                                       | SlpA superfamily; [[http://pfam.xfam.org/family/PF00254.28|FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase]]                                                   | 
-| XopBA    | XopBA                            |                                                 |                                                       |                                                                                                                                              |                                                                                                                                                              | 
-| XopA     | XopA                             | Hpa1/HpaG                                       |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346111.1|WP_011346111.1]]                                                                       | Harpin, maybe not a T3E                                                                                                                                      | 
-| HpaA     | HpaA                             |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346100.1|WP_011346100.1]]                                                                       | Type III secretion control protein, maybe not a T3E                                                                                                          | 
-| HrpW     | HrpW                             |                                                 | PopW                                                  | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_005926112.1|WP_005926112.1]]                                                                       | [[http://pfam.xfam.org/family/PF03211.13|Pectate lyase]], maybe not a T3E                                                                                    | 
-| AvrXccA  | AvrXccA1                         | AvrXca                                          |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011039290.1|WP_011039290.1]]                                                                       | Unknown, maybe not a T3E                                                                                                                                     | 
-| AvrXccA  | AvrXccA2                         |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011037538.1|WP_011037538.1]]                                                                       | Unknown, maybe not a T3E                                                                                                                                     | 
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bacteria/t3e/t3e.1594222444.txt.gz ยท Last modified: 2020/07/08 17:34 by rkoebnik

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