EuroXanth DokuWiki

User Tools

Site Tools

Trace:
typing:molecular_typing

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision 		Previous revision
typing:molecular_typing [2022/07/13 18:50]
rkoebnik [References] 		typing:molecular_typing [2022/10/25 13:47] (current)
rkoebnik [References]
Line 5: Line 5:
 **Tools for molecular typing of regulated Xanthomonas** **Tools for molecular typing of regulated Xanthomonas**
  
-^  Pathogen                                                       ^  Fingerprints                                                                                                                                                                                                                                      ^  VNTR/MLVA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ^  CRISPR                                                           ^  MLSA/MLST                                                                                                                                                                                                                                                                  ^ +^  Pathogen                                                       ^  Fingerprints                                                                                                                                                                                                                                      ^  VNTR/MLVA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ^  CRISPR                                                                                                                             ^  MLSA/MLST                                                                                                                                                                                                                                                                  ^ 
-| **A1 list**                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ||||| +| **A1 list**                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ||||| 
-| //X//. //citri// pv. aurantifolii                               |  NA<sup>1</sup>                                                                                                                                                                                                                                    |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]]                                                                                                                                                                                                        | +| //X//. //citri// pv. aurantifolii                               |  NA<sup>1</sup>                                                                                                                                                                                                                                    |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        |  NA                                                                                                                                 | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]]                                                                                                                                                                                                        | 
-| //X//. //citri// pv. citri                                      | [[https://doi.org/10.1099/ijs.0.009514-0|Bui Thi Ngoc (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/mpp.12019|Escalon (2013)]]                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2008.02242.x|Bui Thi Ngoc (2009)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0098129|Pruvost (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/1462-2920.12876|Leduc (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/eva.12788|Pruvost (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9050945|Pruvost (2021)]]  | [[https://doi.org/10.1186/s12864-019-6267-z|Jeong (2019)]]        | [[https://doi.org/10.1099/ijs.0.009514-0|Bui Thi Ngoc (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]]                                                                                                                                    | +| //X//. //citri// pv. citri                                      | [[https://doi.org/10.1099/ijs.0.009514-0|Bui Thi Ngoc (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/mpp.12019|Escalon (2013)]]                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2008.02242.x|Bui Thi Ngoc (2009)]], \\ [[https://doi.org/10.1111/1462-2920.12369|Vernière (2014)]], \\ [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0098129|Pruvost (2015)]], \\ [[https://doi.org/10.1111/1462-2920.12876|Leduc (2015)]], \\ [[https://doi.org/10.1111/mec.14007|Richard (2017)]], \\ [[https://doi.org/10.1111/eva.12788|Pruvost (2019)]], \\ [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9050945|Pruvost (2021)]], \\ [[https://doi.org/10.1111/eva.13451|Pruvost (2022)]]  | [[https://doi.org/10.1186/s12864-019-6267-z|Jeong (2019)]], \\ [[https://doi.org/10.3390/microorganisms10091715|Bellander (2022)]]  | [[https://doi.org/10.1099/ijs.0.009514-0|Bui Thi Ngoc (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]]                                                                                                                                    | 
-| //X//. //euvesicatoria// pv. allii                              | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.2.184|Gent (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-0918|Gent (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-96-1345|Humeau (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-98-8-0919|Picard(2008)]]  | [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9030536|Vancheva (2021)]]                                                                                                                                                                                                                                                                            |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]]                                                                                                                                                                                                        | +| //X//. //euvesicatoria// pv. allii                              | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.2.184|Gent (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-0918|Gent (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-96-1345|Humeau (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-98-8-0919|Picard(2008)]]  | [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9030536|Vancheva (2021)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          |  NA                                                                                                                                 | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]]                                                                                                                                                                                                        | 
-| //X//. //oryzae// pv. oryzae                                    | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.1997.87.3.302|George (1997)]]                                                                                                                                                                                      | [[https://doi.org/10.1128/AEM.02768-14|Poulin (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                       |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1111/j.1364-3703.2011.00745.x|Hajri (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-07-13-0213-R|Wonni (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jam.14813|Sakthivel (2021)]]                                                                              | +| //X//. //oryzae// pv. oryzae                                    | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.1997.87.3.302|George (1997)]]                                                                                                                                                                                      | [[https://doi.org/10.1128/AEM.02768-14|Poulin (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     |  NA                                                                                                                                 | [[https://doi.org/10.1111/j.1364-3703.2011.00745.x|Hajri (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-07-13-0213-R|Wonni (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jam.14813|Sakthivel (2021)]]                                                                              | 
-| //X//. //oryzae// pv. oryzicola                                 |  NA                                                                                                                                                                                                                                                | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-04-12-0078-R|Zhao (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.02768-14|Poulin (2015)]]                                                                                                                                                                                                                       |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1111/j.1364-3703.2011.00745.x|Hajri (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-04-12-0078-R|Zhao (2012)]]                                                                                                                                           | +| //X//. //oryzae// pv. oryzicola                                 |  NA                                                                                                                                                                                                                                                | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-04-12-0078-R|Zhao (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.02768-14|Poulin (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     |  NA                                                                                                                                 | [[https://doi.org/10.1111/j.1364-3703.2011.00745.x|Hajri (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-04-12-0078-R|Zhao (2012)]]                                                                                                                                           | 
-| **A2 list**                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ||||| +| **A2 list**                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ||||| 
-| //X//. //arboricola// pv. corylina                              |  NA                                                                                                                                                                                                                                                | [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2014.02.017|Cesbron (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]]                                                                                                                                                                                                                  |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]]                                                                                                                                                                                                                     | +| //X//. //arboricola// pv. corylina                              |  NA                                                                                                                                                                                                                                                | [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2014.02.017|Cesbron (2014)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                |  NA                                                                                                                                 | [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]]                                                                                                                                                                                                                     | 
-| //X//. //arboricola// pv. juglandis                             | [[https://doi.org/10.1023/A:1017951406237|Loreti (2001)]], \\  [[https://doi.org/10.1046/j.1439-0434.2001.00628.x|Scortichini (2001)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2010.02362.x|Hajri (2010)]]                                      | [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                      |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]]                                                                                                                                                                                                                     | +| //X//. //arboricola// pv. juglandis                             | [[https://doi.org/10.1023/A:1017951406237|Loreti (2001)]], \\  [[https://doi.org/10.1046/j.1439-0434.2001.00628.x|Scortichini (2001)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2010.02362.x|Hajri (2010)]]                                      | [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    |  NA                                                                                                                                 | [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]]                                                                                                                                                                                                                     | 
-| //X//. //arboricola// pv. pruni                                 | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1081|Boudon (2005)]]                                                                                                                                                                                            | [[https://doi.org/10.1046/j.1439-0434.2001.00628.x|Scortichini (2001)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]]                                                                                                                                                                                                         |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1081|Boudon (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]]                                                                                                                                                        | +| //X//. //arboricola// pv. pruni                                 | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1081|Boudon (2005)]]                                                                                                                                                                                            | [[https://doi.org/10.1046/j.1439-0434.2001.00628.x|Scortichini (2001)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       |  NA                                                                                                                                 | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1081|Boudon (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.00835-15|Essakhi (2015)]]                                                                                                                                                        | 
-| //X//. //axonopodis// pv. poinsettiicola                        |  NA                                                                                                                                                                                                                                                |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-08-14-0867-RE|Rockey (2015)]]                                                                                                                                                                                                                | +| //X//. //axonopodis// pv. poinsettiicola                        |  NA                                                                                                                                                                                                                                                |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        |  NA                                                                                                                                 | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-08-14-0867-RE|Rockey (2015)]]                                                                                                                                                                                                                | 
-| //X//. //euvesicatoria// pv. euvesicatoria                      | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]]                                                                                                                          | [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9030536|Vancheva (2021)]]                                                                                                                                                                                                                                                                            |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms710046227|Dhakal (2019)]]  | +| //X//. //euvesicatoria// pv. euvesicatoria                      | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]]                                                                                                                          | [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9030536|Vancheva (2021)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          |  NA                                                                                                                                 | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms710046227|Dhakal (2019)]]  | 
-| //X//. //euvesicatoria// pv. perforans                          | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]]                                                                                                                          | [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9030536|Vancheva (2021)]]                                                                                                                                                                                                                                                                            |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]]                                                                                                                                                   | +| //X//. //euvesicatoria// pv. perforans                          | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]]                                                                                                                          | [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9030536|Vancheva (2021)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          |  NA                                                                                                                                 | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]]                                                                                                                                                   | 
-| //X//. //fragariae//                                            | [[https://doi.org/10.1128/aem.62.9.3121-3127.1996|Pooler (1996)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.64.10.3961-3965.1998|Roberts (1998)]]                                                                                                         | [[https://doi.org/10.1099/mgen.0.000189/29874158/|Gétaz (2018)]]                                                                                                                                                                                                                                                                             | [[https://doi.org/10.1099/mgen.0.000189/29874158/|Gétaz (2018)]]  | [[https://doi.org/10.1099/mgen.0.000189/29874158/|Gétaz (2018)]]                                                                                                                                                                                                            | +| //X//. //fragariae//                                            | [[https://doi.org/10.1128/aem.62.9.3121-3127.1996|Pooler (1996)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.64.10.3961-3965.1998|Roberts (1998)]]                                                                                                         | [[https://doi.org/10.1099/mgen.0.000189/29874158/|Gétaz (2018)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1099/mgen.0.000189/29874158/|Gétaz (2018)]]                                                                    | [[https://doi.org/10.1099/mgen.0.000189/29874158/|Gétaz (2018)]]                                                                                                                                                                                                            | 
-| //X//. //hortorum// pv. gardneri                                | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]]                                                                                                                          |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]]                                                                                                                                                   | +| //X//. //hortorum// pv. gardneri                                | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]]                                                                                                                          |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        |  NA                                                                                                                                 | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]]                                                                                                                                                   | 
-| //X//. //phaseoli// pv. dieffenbachiae                          | [[https://doi.org/10.1094/PDIS.2004.88.9.980|Khoodoo (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-08-12-0191-R|Donahoo (2013)]]                                                                                                                   |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]]                                                                                                                                                                                                        | +| //X//. //phaseoli// pv. dieffenbachiae                          | [[https://doi.org/10.1094/PDIS.2004.88.9.980|Khoodoo (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-08-12-0191-R|Donahoo (2013)]]                                                                                                                   |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        |  NA                                                                                                                                 | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]]                                                                                                                                                                                                        | 
-| //X//. //phaseoli// pv. phaseoli, //X//. //citri// pv. fuscans  | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.6.593|Mkandawire (2004)]]                                                                                                                                                                                  |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]]                                                                                                                                                                                                        | +| //X//. //phaseoli// pv. phaseoli, //X//. //citri// pv. fuscans  | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.6.593|Mkandawire (2004)]]                                                                                                                                                                                  |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        |  NA                                                                                                                                 | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0058474|Mhedbi-Hajri (2013)]]                                                                                                                                                                                                        | 
-| //X//. //translucens// pv. translucens                          | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.1997.87.11.1111|Bragard (1997)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-96-0876|Rademaker (2006)]]                                                                                                                   |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-08-17-0271-R|Curland (2018)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.01518-19|Khojasteh (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-04-19-0134-R|Curland (2020]]                                                                              | +| //X//. //translucens// pv. translucens                          | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.1997.87.11.1111|Bragard (1997)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-96-0876|Rademaker (2006)]]                                                                                                                   |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        |  NA                                                                                                                                 | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-08-17-0271-R|Curland (2018)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.01518-19|Khojasteh (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-04-19-0134-R|Curland (2020]]                                                                              | 
-| //X//. //vesicatoria//                                          | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]]                                                                                                                          |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          |  NA                                                               | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms710046227|Dhakal (2019)]]                                                                            |+| //X//. //vesicatoria//                                          | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]]                                                                                                                          |  NA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        |  NA                                                                                                                                 | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-8-0993|Hamza (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.syapm.2011.12.005|Hamza (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms710046227|Dhakal (2019)]]                                                                            |
  
 <sup>1</sup>  NA: not available. <sup>1</sup>  NA: not available.
 ===== References ===== ===== References =====
 +
 +Bellanger N, Dereeper A, Koebnik R (2022). Clustered regularly interspaced short palindromic repeats in //Xanthomonas citri //- witnesses to a global expansion of a bacterial pathogen over time. Microorganisms 10: 1715. DOI: [[http://doi.org/10.3390/microorganisms10091715|10.3390/microorganisms10091715]]
  
 Boudon S, Manceau C, Nottéghem JL (2005). Structure and origin of //Xanthomonas arboricola// pv. pruni populations causing bacterial spot of stone fruit trees in Western Europe. Phytopathology 95: 1081-1088. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1081|10.1094/PHYTO-95-1081]] Boudon S, Manceau C, Nottéghem JL (2005). Structure and origin of //Xanthomonas arboricola// pv. pruni populations causing bacterial spot of stone fruit trees in Western Europe. Phytopathology 95: 1081-1088. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1081|10.1094/PHYTO-95-1081]]
Line 90: Line 92:
  
 Pruvost O, Boyer K, Ravigné V, Richard D, Vernière C (2019). Deciphering how plant pathogenic bacteria disperse and meet: Molecular epidemiology of //Xanthomonas citri// pv. citri at microgeographic scales in a tropical area of Asiatic citrus canker endemicity. Evol. Appl. 12: 1523-1538. DOI: [[https://doi.org/10.1111/eva.12788|10.1111/eva.12788]] Pruvost O, Boyer K, Ravigné V, Richard D, Vernière C (2019). Deciphering how plant pathogenic bacteria disperse and meet: Molecular epidemiology of //Xanthomonas citri// pv. citri at microgeographic scales in a tropical area of Asiatic citrus canker endemicity. Evol. Appl. 12: 1523-1538. DOI: [[https://doi.org/10.1111/eva.12788|10.1111/eva.12788]]
 +
 +Pruvost O, Ibrahim YE, Sharafaddin AH, Boyer K, Widyawan A, Al-Saleh MA (2022). Molecular epidemiology of the citrus bacterial pathogen //Xanthomonas citri// pv. //citri// from the Arabian Peninsula reveals a complex structure of specialist and generalist strains. Evol Appl., in press. DOI: [[https://doi.org/10.1111/eva.13451|10.1111/eva.13451]]
  
 Pruvost O, Magne M, Boyer K, Leduc A, Tourterel C, Drevet C, Ravigné V, Gagnevin L, Guérin F, Chiroleu F, Koebnik R, Verdier V, Vernière C (2014). A MLVA genotyping scheme for global surveillance of the citrus pathogen //Xanthomonas citri// pv. citri suggests a worldwide geographical expansion of a single genetic lineage. PLoS One 9: e98129. DOI: [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0098129|10.1371/journal.pone.0098129]] Pruvost O, Magne M, Boyer K, Leduc A, Tourterel C, Drevet C, Ravigné V, Gagnevin L, Guérin F, Chiroleu F, Koebnik R, Verdier V, Vernière C (2014). A MLVA genotyping scheme for global surveillance of the citrus pathogen //Xanthomonas citri// pv. citri suggests a worldwide geographical expansion of a single genetic lineage. PLoS One 9: e98129. DOI: [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0098129|10.1371/journal.pone.0098129]]
Line 108: Line 112:
  
 Vancheva T, Bogatzevska N, Moncheva P, Mitrev S, Vernière C, Koebnik R (2021). Molecular epidemiology of //Xanthomonas euvesicatoria// strains from the Balkan Peninsula revealed by a new multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis scheme. Microorganisms 9: 536. DOI: [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9030536|10.3390/microorganisms9030536]] Vancheva T, Bogatzevska N, Moncheva P, Mitrev S, Vernière C, Koebnik R (2021). Molecular epidemiology of //Xanthomonas euvesicatoria// strains from the Balkan Peninsula revealed by a new multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis scheme. Microorganisms 9: 536. DOI: [[https://doi.org/10.3390/microorganisms9030536|10.3390/microorganisms9030536]]
 +
 +Vernière C, Bui Thi Ngoc L, Jarne P, Ravigné V, Guérin F, Gagnevin L, Le Mai N, Chau NM, Pruvost O (2014). Highly polymorphic markers reveal the establishment of an invasive lineage of the citrus bacterial pathogen //Xanthomonas citri// pv. //citri// in its area of origin. Environ, Microbiol. 16: 2226-2237. doi: [[https://doi.org/10.1111/1462-2920.12369|10.1111/1462-2920.12369]]
  
 Wonni I, Cottyn B, Detemmerman L, Dao S, Ouedraogo L, Sarra S, Tekete C, Poussier S, Corral R, Triplett L, Koita O, Koebnik R, Leach J, Szurek B, Maes M, Verdier V (2014). Analysis of //Xanthomonas oryzae// pv. oryzicola population in Mali and Burkina Faso reveals a high level of genetic and pathogenic diversity. Phytopathology 104: 520-531. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-07-13-0213-R|10.1094/PHYTO-07-13-0213-R]] Wonni I, Cottyn B, Detemmerman L, Dao S, Ouedraogo L, Sarra S, Tekete C, Poussier S, Corral R, Triplett L, Koita O, Koebnik R, Leach J, Szurek B, Maes M, Verdier V (2014). Analysis of //Xanthomonas oryzae// pv. oryzicola population in Mali and Burkina Faso reveals a high level of genetic and pathogenic diversity. Phytopathology 104: 520-531. DOI: [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-07-13-0213-R|10.1094/PHYTO-07-13-0213-R]]
typing/molecular_typing.1657731023.txt.gz · Last modified: 2022/07/13 18:50 by rkoebnik

Page Tools

Except where otherwise noted, content on this wiki is licensed under the following license: CC Attribution-Share Alike 4.0 International
CC Attribution-Share Alike 4.0 International Donate Powered by PHP Valid HTML5 Valid CSS Driven by DokuWiki