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bacteria:t3e:t3e [2022/05/31 08:30]
cboyer [Table] 		bacteria:t3e:t3e [2022/07/25 10:59] (current)
rkoebnik
Line 1: Line 1:
 ====== Type III effectors ====== ====== Type III effectors ======
 +
 +[[http://www.biopred.net/xanthomonas/|Link to the original Xanthomonas //Resource @ xanthomonas.org]]
  
 [[:bacteria:t3e:effector_reviews|Review papers on type III effectors]] [[:bacteria:t3e:effector_reviews|Review papers on type III effectors]]
Line 7: Line 9:
 [[:bacteria:t3e:t3e_template|Empty template]] - [[:bacteria:t3e:xopau|Example 1: XopAU]] - [[:bacteria:t3e:xopb|Example 2: XopB]] [[:bacteria:t3e:t3e_template|Empty template]] - [[:bacteria:t3e:xopau|Example 1: XopAU]] - [[:bacteria:t3e:xopb|Example 2: XopB]]
  
-^ Class    ^ Family                               ^ Synonyms                                        ^ Related proteins                                      ^ RefSeq ID                                                                                                                                    ^ Function / Features                                                                                                                                          ^ +^Class ^Family ^Synonyms ^Related proteins ^RefSeq ID ^Function / Features | 
-| AvrBs1   | [[:bacteria:t3e:avrbs1|AvrBs1]]      |                                                 | AvrA                                                  | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_637464.1|NP_637464.1]]                                                                             |                                                                                                                                                              | +|AvrBs1 |[[:bacteria:t3e:avrbs1|AvrBs1]] |  |AvrA |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_637464.1|NP_637464.1]] |  | 
-| AvrBs2   | [[:bacteria:t3e:avrbs2|AvrBs2]]      |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_635447.1|NP_635447.1]] \\  [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011035310.1|WP_011035310.1]]  | [[http://pfam.xfam.org/family/PF03009.17|Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family]]                                                                | +|AvrBs2 |[[:bacteria:t3e:avrbs2|AvrBs2]] |  |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_635447.1|NP_635447.1]] \\  [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011035310.1|WP_011035310.1]] |[[http://pfam.xfam.org/family/PF03009.17|Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family]] | 
-| AvrBs3   | [[:bacteria:t3e:avrbs3|AvrBs3]]      | PthA, PthB, PthN, PthXo, AvrXa7, AvrXa27, TALE  |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/P14727.2|P14727.2]] \\  [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011052943.1|WP_011052943.1]]        | [[http://pfam.xfam.org/family/PF03377.13|TAL effector repeat]]; Transcription activator in eukaryotic host cell; Nuclear localization                        | +|AvrBs3 |[[:bacteria:t3e:avrbs3|AvrBs3]] |PthA, PthB, PthN, PthXo, AvrXa7, AvrXa27, TALE |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/P14727.2|P14727.2]] \\  [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011052943.1|WP_011052943.1]] |[[http://pfam.xfam.org/family/PF03377.13|TAL effector repeat]]; Transcription activator in eukaryotic host cell; Nuclear localization | 
-| XopB     | [[:bacteria:t3e:xopb|XopB]]          |                                                 | HopD1 (HopPtoD1, AvrPphD1)                            | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_039417318.1|WP_039417318.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | +|XopB |[[:bacteria:t3e:xopb|XopB]] |  |HopD1 (HopPtoD1, AvrPphD1) |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_039417318.1|WP_039417318.1]] |  | 
-| XopC     | [[:bacteria:t3e:xopc|XopC1]]         |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/CAJ24112.1|CAJ24112.1]] \\  [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_046935566.1|WP_046935566.1]]    | Phosphoribosyl transferase domain; [[http://pfam.xfam.org/family/PF13419.6|Haloacid dehalogenase-like hydrolase]]                                            | +|XopC |[[:bacteria:t3e:xopc|XopC1]] |  |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/CAJ24112.1|CAJ24112.1]] \\  [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_046935566.1|WP_046935566.1]] |Phosphoribosyl transferase domain; [[http://pfam.xfam.org/family/PF13419.6|Haloacid dehalogenase-like hydrolase]] | 
-| XopC     | [[:bacteria:t3e:xopc|XopC2]]         |                                                 | RSp1239                                               | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_041183113.1|WP_041183113.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | +|XopC |[[:bacteria:t3e:xopc|XopC2]] |  |RSp1239 |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_041183113.1|WP_041183113.1]] |  | 
-| XopD     | [[:bacteria:t3e:xopd|XopD]]          |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346109.1|WP_011346109.1]] \\  FIXME                                                             | C48-family SUMO cysteine protease ([[http://pfam.xfam.org/family/PF02902.19|Ulp1 protease family]]); EAR motif; DNA binding; Nuclear localization            | +|XopD |[[:bacteria:t3e:xopd|XopD]] |  |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346109.1|WP_011346109.1]] \\  FIXME  |C48-family SUMO cysteine protease ([[http://pfam.xfam.org/family/PF02902.19|Ulp1 protease family]]); EAR motif; DNA binding; Nuclear localization | 
-| XopE     | [[:bacteria:t3e:xope1|XopE1]]        | AvrXacE1                                        | HopX (AvrPphE)                                        | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011345998.1|WP_011345998.1]]                                                                       | Putative transglutaminase                                                                                                                                    | +|XopE |[[:bacteria:t3e:xope1|XopE1]] |AvrXacE1 |HopX (AvrPphE) |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011345998.1|WP_011345998.1]] |Putative transglutaminase | 
-| XopE     | [[:bacteria:t3e:xope2|XopE2]]        | AvrXacE3, AvrXccE1                              | HopX (AvrPphE)                                        | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011347479.1|WP_011347479.1]]                                                                       | Putative transglutaminase                                                                                                                                    | +|XopE |[[:bacteria:t3e:xope2|XopE2]] |AvrXacE3, AvrXccE1 |HopX (AvrPphE) |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011347479.1|WP_011347479.1]] |Putative transglutaminase | 
-| XopE     | [[:bacteria:t3e:xope3|XopE3]]        | AvrXacE2                                        | HopX (AvrPphE)                                        | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011052114.1|WP_011052114.1]]                                                                       | Putative transglutaminase                                                                                                                                    | +|XopE |[[:bacteria:t3e:xope3|XopE3]] |AvrXacE2 |HopX (AvrPphE) |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011052114.1|WP_011052114.1]] |Putative transglutaminase | 
-| XopE     | [[:bacteria:t3e:xope4|XopE4]]        |                                                 | Putative HopX (AvrPphE)                               | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/EFF46466.1|EFF46466.1]]                                                                               |                                                                                                                                                              | +|XopE |[[:bacteria:t3e:xope4|XopE4]] |  |Putative HopX (AvrPphE) |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/EFF46466.1|EFF46466.1]] |  | 
-| XopE     | [[:bacteria:t3e:xope5|XopE5]]        |                                                 | Putative HopX (AvrPphE)                               |                                                                                                                                              | Putative transglutaminase                                                                                                                                    | +|XopE |[[:bacteria:t3e:xope5|XopE5]] |  |Putative HopX (AvrPphE) |  |Putative transglutaminase | 
-| XopF     | [[:bacteria:t3e:xopf|XopF1]]         | Hpa4                                            |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346095.1|WP_011346095.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | +|XopF |[[:bacteria:t3e:xopf|XopF1]] |Hpa4 |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346095.1|WP_011346095.1]] |  | 
-| XopF     | [[:bacteria:t3e:xopf|XopF2]]         |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_046934774.1|WP_046934774.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | +|XopF |[[:bacteria:t3e:xopf|XopF2]] |  |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_046934774.1|WP_046934774.1]] |  | 
-| XopF     | [[:bacteria:t3e:xopf|XopF3]]         |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/589298639|WP_AHK80891.1]]                                                                             |                                                                                                                                                              | +|XopF |[[:bacteria:t3e:xopf|XopF3]] |  |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/589298639|WP_AHK80891.1]] |  | 
-| XopG     | [[:bacteria:t3e:xopg|XopG1]]         |                                                 | HopH (HopPtoH), HopAP                                 | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346758.1|WP_011346758.1]]                                                                       | [[http://pfam.xfam.org/family/PF14891.6|Peptidase_M91 superfamily]]; HEXXH motif, typical of zinc metallopeptidases                                          | +|XopG |[[:bacteria:t3e:xopg|XopG1]] |  |HopH (HopPtoH), HopAP |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346758.1|WP_011346758.1]] |[[http://pfam.xfam.org/family/PF14891.6|Peptidase_M91 superfamily]]; HEXXH motif, typical of zinc metallopeptidases | 
-| XopG     | [[:bacteria:t3e:xopg|XopG2]]         |                                                 | HopH (HopPtoH), HopAP                                 |                                                                                                                                              |                                                                                                                                                              | +|XopG |[[:bacteria:t3e:xopg|XopG2]] |  |HopH (HopPtoH), HopAP |  |  | 
-| XopG     | [[:bacteria:t3e:xopf|XopG3]]         |                                                 | HopH (HopPtoH), HopAP                                 |                                                                                                                                              |                                                                                                                                                              | +|XopG |[[:bacteria:t3e:xopg|XopG3]] |  |HopH (HopPtoH), HopAP |  |  | 
-| XopH     | [[:bacteria:t3e:xoph|XopH1]]         | AvrBs1.1                                        | HopAO1 (HopPtoD2)                                     | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_074038421.1|WP_074038421.1]]                                                                       | [[http://pfam.xfam.org/family/PF14566.6|Protein tyrosine phosphatase-like phytase]]                                                                          | +|XopH |[[:bacteria:t3e:xoph|XopH1]] |AvrBs1.1 |HopAO1 (HopPtoD2) |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_074038421.1|WP_074038421.1]] |[[http://pfam.xfam.org/family/PF14566.6|Protein tyrosine phosphatase-like phytase]] | 
-| XopH     | [[:bacteria:t3e:xoph|XopH2]]         | AvrBs1.1                                        | HopAO1 (HopPtoD2)                                     |                                                                                                                                              |                                                                                                                                                              | +|XopH |[[:bacteria:t3e:xoph|XopH2]] |AvrBs1.1 |HopAO1 (HopPtoD2) |  |  | 
-| XopI     | [[:bacteria:t3e:xopi|XopI1]]         |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346406.1|WP_011346406.1]]                                                                       | [[http://pfam.xfam.org/family/PF00646.33|F-box domain]]                                                                                                      | +|XopI |[[:bacteria:t3e:xopi|XopI1]] |  |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346406.1|WP_011346406.1]] |[[http://pfam.xfam.org/family/PF00646.33|F-box domain]] | 
-| XopI     | [[:bacteria:t3e:xopi|XopI2]]         |                                                 |                                                       |                                                                                                                                              |                                                                                                                                                              | +|XopI |[[:bacteria:t3e:xopi|XopI2]] |  |  |  |  | 
-| XopJ     | [[:bacteria:t3e:xopj1|XopJ1]]        |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011347382.1|WP_011347382.1]]                                                                       | [[http://pfam.xfam.org/family/PF03421.16|Ser/Thr acetyltransferase]]                                                                                         | +|XopJ |[[:bacteria:t3e:xopj1|XopJ1]] |  |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011347382.1|WP_011347382.1]] |[[http://pfam.xfam.org/family/PF03421.16|Ser/Thr acetyltransferase]] | 
-| XopJ     | [[:bacteria:t3e:xopj2|XopJ2]]        | AvrBsT                                          | HopZ2                                                 | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_074052319.1|WP_074052319.1]]                                                                       | [[http://pfam.xfam.org/family/PF03421.16|Ser/Thr acetyltransferase]]                                                                                         | +|XopJ |[[:bacteria:t3e:xopj2|XopJ2]] |AvrBsT |HopZ2 |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_074052319.1|WP_074052319.1]] |[[http://pfam.xfam.org/family/PF03421.16|Ser/Thr acetyltransferase]] | 
-| XopJ     | [[:bacteria:t3e:xopj3|XopJ3]]        | AvrRxv                                          |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346137.1|WP_011346137.1]]                                                                       | [[http://pfam.xfam.org/family/PF03421.16|Ser/Thr acetyltransferase]]                                                                                         | +|XopJ |[[:bacteria:t3e:xopj3|XopJ3]] |AvrRxv |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346137.1|WP_011346137.1]] |[[http://pfam.xfam.org/family/PF03421.16|Ser/Thr acetyltransferase]] | 
-| XopJ     | [[:bacteria:t3e:xopj4|XopJ4]]        | AvrXv4                                          | PopP1                                                 | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_008572727.1|WP_008572727.1]]                                                                       | [[http://pfam.xfam.org/family/PF03421.16|Ser/Thr acetyltransferase]]                                                                                         | +|XopJ |[[:bacteria:t3e:xopj4|XopJ4]] |AvrXv4 |PopP1 |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_008572727.1|WP_008572727.1]] |[[http://pfam.xfam.org/family/PF03421.16|Ser/Thr acetyltransferase]] | 
-| XopJ     | [[:bacteria:t3e:xopj5|XopJ5]]        | AvrXccB                                         |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_075287867.1|WP_075287867.1]]                                                                       | [[http://pfam.xfam.org/family/PF03421.16|Ser/Thr acetyltransferase]]                                                                                         | +|XopJ |[[:bacteria:t3e:xopj5|XopJ5]] |AvrXccB |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_075287867.1|WP_075287867.1]] |[[http://pfam.xfam.org/family/PF03421.16|Ser/Thr acetyltransferase]] | 
-| XopJ     | [[:bacteria:t3e:xopj6|XopJ6]] FIXME  |                                                 |                                                       |                                                                                                                                              |                                                                                                                                                              | +|XopJ |[[:bacteria:t3e:xopj6|XopJ6]] FIXME  |  |  |  |  | 
-| XopK     | [[:bacteria:t3e:xopk|XopK]]          |                                                 |                                                       |  [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_027703763.1|WP_027703763.1]]                                                                      |                                                                                                                                                              | +|XopK |[[:bacteria:t3e:xopk|XopK]] |  |  |  [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_027703763.1|WP_027703763.1]]  |  | 
-| XopL     | [[:bacteria:t3e:xopl|XopL]]          |                                                 |                                                       |  [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011039250.1|WP_011039250.1]]                                                                      | LRR protein                                                                                                                                                  | +|XopL |[[:bacteria:t3e:xopl|XopL]] |  |  |  [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011039250.1|WP_011039250.1]]  |LRR protein | 
-| XopM     | [[:bacteria:t3e:xopm|XopM]] FIXME    |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346113.1|WP_011346113.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | +|XopM |[[:bacteria:t3e:xopm|XopM]] FIXME  |  |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346113.1|WP_011346113.1]] |  | 
-| XopN     | [[:bacteria:t3e:xopn|XopN]]          |                                                 | HopAU1                                                | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011348010.1|WP_011348010.1]]                                                                       | ARM/HEAT repeat                                                                                                                                              | +|XopN |[[:bacteria:t3e:xopn|XopN]] |  |HopAU1 |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011348010.1|WP_011348010.1]] |ARM/HEAT repeat | 
-| XopO     | [[:bacteria:t3e:xopo|XopO]]          |                                                 | HopK1 (HopPtoK, HolPtoAB) N-terminal domain, AvrRps4  | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346566.1|WP_011346566.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | +|XopO |[[:bacteria:t3e:xopo|XopO]] |  |HopK1 (HopPtoK, HolPtoAB) N-terminal domain, AvrRps4 |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346566.1|WP_011346566.1]] |  | 
-| XopP     | [[:bacteria:t3e:xopp|XopP]]          |                                                 | Hlk                                                   | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_104613784.1|WP_104613784.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | +|XopP |[[:bacteria:t3e:xopp|XopP]] |  |Hlk |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_104613784.1|WP_104613784.1]] |  | 
-| XopQ     | [[:bacteria:t3e:xopq|XopQ]]          |                                                 | HopQ1 (HolPtoQ), RipB                                 | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011349176.1|WP_011349176.1]]                                                                       | [[http://pfam.xfam.org/family/PF01156.19|Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase]]                                                                   | +|XopQ |[[:bacteria:t3e:xopq|XopQ]] |  |HopQ1 (HolPtoQ), RipB |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011349176.1|WP_011349176.1]] |[[http://pfam.xfam.org/family/PF01156.19|Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase]] | 
-| XopR     | [[:bacteria:t3e:xopr|XopR]]          |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011260681.1|WP_011260681.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | +|XopR |[[:bacteria:t3e:xopr|XopR]] |  |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011260681.1|WP_011260681.1]] |  | 
-| XopS     | [[:bacteria:t3e:xops|XopS]]          |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_039418869.1|WP_039418869.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | +|XopS |[[:bacteria:t3e:xops|XopS]] |  |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_039418869.1|WP_039418869.1]] |  | 
-| XopT     | [[:bacteria:t3e:xopt|XopT]] FIXME    |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_075242412.1|WP_075242412.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | +|XopT |[[:bacteria:t3e:xopt|XopT]] FIXME  |  |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_075242412.1|WP_075242412.1]] |  | 
-| XopU     | [[:bacteria:t3e:xopu|XopU]] FIXME    |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_042465048.1|WP_042465048.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | +|XopU |[[:bacteria:t3e:xopu|XopU]] FIXME  |  |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_042465048.1|WP_042465048.1]] |  | 
-| XopV     | [[:bacteria:t3e:xopv|XopV]]          |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011409498.1|WP_011409498.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | +|XopV |[[:bacteria:t3e:xopv|XopV]] |  |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011409498.1|WP_011409498.1]] |  | 
-| XopW     | [[:bacteria:t3e:xopw|XopW]] FIXME    |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_012443642.1|WP_012443642.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | +|XopW |[[:bacteria:t3e:xopw|XopW]] FIXME  |  |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_012443642.1|WP_012443642.1]] |  | 
-| XopX     | [[:bacteria:t3e:xopx|XopX]]          |                                                 | HopAE1 (HolPsyAE)                                     | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_029818523.1|WP_029818523.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | +|XopX |[[:bacteria:t3e:xopx|XopX]] |  |HopAE1 (HolPsyAE) |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_029818523.1|WP_029818523.1]] |  | 
-| XopY     | [[:bacteria:t3e:xopy|XopY]]          |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_113013931.1|WP_113013931.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | +|XopY |[[:bacteria:t3e:xopy|XopY]] |  |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_113013931.1|WP_113013931.1]] |  | 
-| XopZ     | [[:bacteria:t3e:xopz|XopZ1]]         |                                                 | HopAS1                                                |                                                                                                                                              |                                                                                                                                                              | +|XopZ |[[:bacteria:t3e:xopz|XopZ1]] |  |HopAS1 |  |  | 
-| XopZ     | [[:bacteria:t3e:xopz|XopZ2]]         |                                                 |                                                       |                                                                                                                                              |                                                                                                                                                              | +|XopZ |[[:bacteria:t3e:xopz|XopZ2]] |  |  |  |  | 
-| XopAA    | [[:bacteria:t3e:xopaa|XopAA]] FIXME  | Ecf                                             | HopAE1 (HolPsyAE)                                     | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_041855088.1|WP_041855088.1]]                                                                       | Early chlorosis factor; Proteasome/cyclosome repeat                                                                                                          | +|XopAA |[[:bacteria:t3e:xopaa|XopAA]] FIXME  |Ecf |HopAE1 (HolPsyAE) |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_041855088.1|WP_041855088.1]] |Early chlorosis factor; Proteasome/cyclosome repeat | 
-| XopAB    | [[:bacteria:t3e:xopab|XopAB]] FIXME  |                                                 | weakly related to XopN                                | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_080496267.1|WP_080496267.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | +|XopAB |[[:bacteria:t3e:xopab|XopAB]] FIXME  |  |weakly related to XopN |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_080496267.1|WP_080496267.1]] |  | 
-| XopAC    | [[:bacteria:t3e:xopac|XopAC]]        | AvrAC                                           |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011269629.1|WP_011269629.1]]                                                                       | LRR; [[http://pfam.xfam.org/family/PF02661.18|Fic/DOC family]]; Vascular hypersensitivity in //Arabidopsis// landrace Col-0                                  | +|XopAC |[[:bacteria:t3e:xopac|XopAC]] |AvrAC |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011269629.1|WP_011269629.1]] |LRR; [[http://pfam.xfam.org/family/PF02661.18|Fic/DOC family]]; Vascular hypersensitivity in //Arabidopsis// landrace Col-0  | 
-| XopAD    | [[:bacteria:t3e:xopad|XopAD]]        |                                                 | RSc3401                                               | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_129593164.1|WP_129593164.1]]                                                                       | SKWP repeat protein                                                                                                                                          | +|XopAD |[[:bacteria:t3e:xopad|XopAD]] |  |RSc3401 |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_129593164.1|WP_129593164.1]] |SKWP repeat protein | 
-| XopAE    | [[:bacteria:t3e:xopae|XopAE]]        | HpaF/HpaG                                       | PopC                                                  | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011257061.1|WP_011257061.1]]                                                                       | [[http://pfam.xfam.org/family/PF13855.6|LRR]] protein                                                                                                        | +|XopAE |[[:bacteria:t3e:xopae|XopAE]] |HpaF/HpaG |PopC |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011257061.1|WP_011257061.1]] |[[http://pfam.xfam.org/family/PF13855.6|LRR]] protein | 
-| XopAF    | [[:bacteria:t3e:xopaf|XopAF1]]       | AvrXv3                                          | HopAF1 (HopPtoJ)                                      | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_008577605.1|WP_008577605.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | +|XopAF |[[:bacteria:t3e:xopaf|XopAF1]] |AvrXv3 |HopAF1 (HopPtoJ) |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_008577605.1|WP_008577605.1]] |  | 
-| XopAF    | [[:bacteria:t3e:xopaf|XopAF2]]       | AvrXv3                                          | HopAF1 (HopPtoJ)                                      |                                                                                                                                              |                                                                                                                                                              | +|XopAF |[[:bacteria:t3e:xopaf|XopAF2]] |AvrXv3 |HopAF1 (HopPtoJ) |  |  | 
-| XopAG    | [[:bacteria:t3e:xopag|XopAG]]        | AvrGf1                                          | HopG1 (HopPtoG), HolPtoW                              | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_080633702.1|WP_080633702.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | +|XopAG |[[:bacteria:t3e:xopag|XopAG]] |AvrGf1 |HopG1 (HopPtoG), HolPtoW |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_080633702.1|WP_080633702.1]] |  | 
-| XopAH    | [[:bacteria:t3e:xopah|XopAH]]        | AvrXccC                                         | AvrB/AvrC (AvrPphC)                                   | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_050912223.1|WP_050912223.1]]                                                                       | [[http://pfam.xfam.org/family/PF05394.11|AvrB/AvrC-family avirulence protein]]                                                                               | +|XopAH |[[:bacteria:t3e:xopah|XopAH]] |AvrXccC |AvrB/AvrC (AvrPphC) |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_050912223.1|WP_050912223.1]] |[[http://pfam.xfam.org/family/PF05394.11|AvrB/AvrC-family avirulence protein]] | 
-| XopAI    | [[:bacteria:t3e:xopai|XopAI]] FIXME  |                                                 | HopO1 (HopPtoO, HopPtoS), HopAI1 (HolPtoAI)           | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011052119.1|WP_011052119.1]]                                                                       | Putative <sup>[[http://pfam.xfam.org/family/PF01129.18|NAD(P)+]]</sup>  [[http://pfam.xfam.org/family/PF01129.18|-protein-arginine ADP-ribosyltransferase]]  | +|XopAI |[[:bacteria:t3e:xopai|XopAI]] FIXME  |  |HopO1 (HopPtoO, HopPtoS), HopAI1 (HolPtoAI) |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011052119.1|WP_011052119.1]] |Putative <sup>[[http://pfam.xfam.org/family/PF01129.18|NAD(P)+]]</sup>  [[http://pfam.xfam.org/family/PF01129.18|-protein-arginine ADP-ribosyltransferase]] | 
-| XopAJ    | [[:bacteria:t3e:xopaj|XopAJ]]        | AvrRxo1                                         |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_014504815.1|WP_014504815.1]] \\  FIXME                                                             |                                                                                                                                                              | +|XopAJ |[[:bacteria:t3e:xopaj|XopAJ]] |AvrRxo1 |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_014504815.1|WP_014504815.1]] \\  FIXME  |  | 
-| XopAK    | [[:bacteria:t3e:xopak|XopAK]]        |                                                 | HopK1 (HopPtoK, HolPtoAB) C-terminal domain           | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_033837133.1|WP_033837133.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | +|XopAK |[[:bacteria:t3e:xopak|XopAK]] |  |HopK1 (HopPtoK, HolPtoAB) C-terminal domain |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_033837133.1|WP_033837133.1]] |  | 
-| XopAL    | [[:bacteria:t3e:xopal1|XopAL1]]      |                                                 | Eop3                                                  | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011036441.1|WP_011036441.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | +|XopAL |[[:bacteria:t3e:xopal1|XopAL1]] |  |Eop3 |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011036441.1|WP_011036441.1]] |  | 
-| XopAL    | [[:bacteria:t3e:xopal2|XopAL2]]      |                                                 | Eop3                                                  |                                                                                                                                              |                                                                                                                                                              | +|XopAL |[[:bacteria:t3e:xopal2|XopAL2]] |  |Eop3 |  |  | 
-| XopAM    | [[:bacteria:t3e:xopam|XopAM]] FIXME  |                                                 | HopR1                                                 | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011036289.1|WP_011036289.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | +|XopAM |[[:bacteria:t3e:xopam|XopAM]] FIXME  |  |HopR1 |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011036289.1|WP_011036289.1]] |  | 
-| XopAN    | [[:bacteria:t3e:xopan|XopAN]] FIXME  |                                                 |                                                       |                                                                                                                                              |                                                                                                                                                              | +|XopAN |[[:bacteria:t3e:xopan|XopAN]] FIXME  |  |  |  |  | 
-| XopAO    | [[:bacteria:t3e:xopao|XopAO]] FIXME  |                                                 | AvrRpm1                                               | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/EGD20072.1|EGD20072.1]]                                                                               |                                                                                                                                                              | +|XopAO |[[:bacteria:t3e:xopao|XopAO]] FIXME  |  |AvrRpm1 |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/EGD20072.1|EGD20072.1]] |  | 
-| XopAP    | [[:bacteria:t3e:xopap|XopAP]]        |                                                 | RipAL                                                 | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_039417385.1|WP_039417385.1]]                                                                       | [[http://pfam.xfam.org/family/PF01764.25|Class-3 lipase]]                                                                                                    | +|XopAP |[[:bacteria:t3e:xopap|XopAP]] |  |RipAL |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_039417385.1|WP_039417385.1]] |[[http://pfam.xfam.org/family/PF01764.25|Class-3 lipase]] | 
-| XopAQ    | [[:bacteria:t3e:xopaq|XopAQ]]        |                                                 | Rip6/Rip11                                            | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_006450400.1|WP_006450400.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | +|XopAQ |[[:bacteria:t3e:xopaq|XopAQ]] |  |Rip6/Rip11 |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_006450400.1|WP_006450400.1]] |  | 
-| XopAR    | [[:bacteria:t3e:xopar|XopAR]] FIXME  |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_005994454.1|WP_005994454.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | +|XopAR |[[:bacteria:t3e:xopar|XopAR]] FIXME  |  |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_005994454.1|WP_005994454.1]] |  | 
-| XopAS    | [[:bacteria:t3e:xopas|XopAS]] FIXME  |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_081376520.1|WP_081376520.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | +|XopAS |[[:bacteria:t3e:xopas|XopAS]] FIXME  |  |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_081376520.1|WP_081376520.1]] |  | 
-| XopAT    | [[:bacteria:t3e:xopat|XopAT]] FIXME  |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/AEL06363.1|AEL06363.1]]                                                                               |                                                                                                                                                              | +|XopAT |[[:bacteria:t3e:xopat|XopAT]] FIXME  |  |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/AEL06363.1|AEL06363.1]] |  | 
-| XopAU    | [[:bacteria:t3e:xopau|XopAU]]        |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_041855031.1|WP_041855031.1]]                                                                       | Serine/threonine kinase; [[http://pfam.xfam.org/family/PF00069.25|Protein kinase domain]]                                                                    | +|XopAU |[[:bacteria:t3e:xopau|XopAU]] |  |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_041855031.1|WP_041855031.1]] |Serine/threonine kinase; [[http://pfam.xfam.org/family/PF00069.25|Protein kinase domain]] | 
-| XopAV    | [[:bacteria:t3e:xopav|XopAV]] FIXME  |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_065628638.1|WP_065628638.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | +|XopAV |[[:bacteria:t3e:xopav|XopAV]] FIXME  |  |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_065628638.1|WP_065628638.1]] |  | 
-| XopAW    | [[:bacteria:t3e:xopaw|XopAW]]        |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011348129.1|WP_011348129.1]]                                                                       | Calcium-binding protein; [[http://pfam.xfam.org/family/PF13499.6|EF-hand domain pair]]                                                                       | +|XopAW |[[:bacteria:t3e:xopaw|XopAW]] |  |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011348129.1|WP_011348129.1]] |Calcium-binding protein; [[http://pfam.xfam.org/family/PF13499.6|EF-hand domain pair]] | 
-| XopAX    | [[:bacteria:t3e:xopax|XopAX]]        |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011345694.1|WP_011345694.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | +|XopAX |[[:bacteria:t3e:xopax|XopAX]] |  |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011345694.1|WP_011345694.1]] |  | 
-| XopAY    | [[:bacteria:t3e:xopay|XopAY]] FIXME  |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_015462941.1|WP_015462941.1]]                                                                       |                                                                                                                                                              | +|XopAY |[[:bacteria:t3e:xopay|XopAY]] FIXME  |  |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_015462941.1|WP_015462941.1]] |  | 
-| XopAZ    | [[:bacteria:t3e:xopaz|XopAZ]] FIXME  |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011050866.1|WP_011050866.1]]                                                                       | SlpA superfamily; [[http://pfam.xfam.org/family/PF00254.28|FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase]]                                                   | +|XopAZ |[[:bacteria:t3e:xopaz|XopAZ]] FIXME  |  |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011050866.1|WP_011050866.1]] |SlpA superfamily; [[http://pfam.xfam.org/family/PF00254.28|FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase]] | 
-| XopBA    | XopBA                                |                                                 |                                                       |                                                                                                                                              |                                                                                                                                                              | +|XopBA |XopBA |  |  |  |  | 
-| XopA     | XopA                                 | Hpa1/HpaG                                       |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346111.1|WP_011346111.1]]                                                                       | Harpin, maybe not a T3E                                                                                                                                      | +|XopA |XopA |Hpa1/HpaG |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346111.1|WP_011346111.1]] |Harpin, maybe not a T3E | 
-| HpaA     | HpaA                                 |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346100.1|WP_011346100.1]]                                                                       | Type III secretion control protein, maybe not a T3E                                                                                                          | +|HpaA |HpaA |  |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011346100.1|WP_011346100.1]] |Type III secretion control protein, maybe not a T3E | 
-| HrpW     | HrpW                                 |                                                 | PopW                                                  | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_005926112.1|WP_005926112.1]]                                                                       | [[http://pfam.xfam.org/family/PF03211.13|Pectate lyase]], maybe not a T3E                                                                                    | +|HrpW |HrpW |  |PopW |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_005926112.1|WP_005926112.1]] |[[http://pfam.xfam.org/family/PF03211.13|Pectate lyase]], maybe not a T3E | 
-| AvrXccA  | AvrXccA1                             | AvrXca                                          |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011039290.1|WP_011039290.1]]                                                                       | Unknown, maybe not a T3E                                                                                                                                     | +|AvrXccA |AvrXccA1 |AvrXca |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011039290.1|WP_011039290.1]] |Unknown, maybe not a T3E | 
-| AvrXccA  | AvrXccA2                             |                                                 |                                                       | [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011037538.1|WP_011037538.1]]                                                                       | Unknown, maybe not a T3E                                                                                                                                     |+|AvrXccA |AvrXccA2 |  |  |[[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_011037538.1|WP_011037538.1]] |Unknown, maybe not a T3E |
  
  
bacteria/t3e/t3e.1653978646.txt.gz · Last modified: 2022/05/31 08:30 by cboyer

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