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rkoebnik [References]
+++ diagnostics:dna_protocols [2022/08/12 17:19]
rkoebnik [References]
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 **Main protocols described for regulated xanthomonads based on amplification of specific target DNAs.**
-^  Disease  ^  Bacteria  ^  Conventional PCR  ^  qPCR<sup>1</sup>     ^  IA<sup>2</sup>    Methods  |
+^  Disease                                                        ^  Bacteria                                                                                                                  ^  Conventional PCR                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ^  qPCR<sup>1</sup>                                                                                                                                                                                               ^  IA<sup>2</sup>    Methods                                                                                                                                                                                                                   ^
-|Onion bacterial blight |//X. euvesicatoria// pv. //alli//   |[[https://doi.org/10.1128/AEM.02697-09|Robène-Soustrade (2010)]] |[[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2015.04.017|Robène (2015)]] |  NA<sup>3</sup>     |
+| Onion bacterial blight                                          | //X. euvesicatoria// pv. //alli//                                                                                          | [[https://doi.org/10.1128/AEM.02697-09|Robène-Soustrade (2010)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             | [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2015.04.017|Robène (2015)]]                                                                                                                                                   |  NA<sup>3</sup>                                                                                                                                                                                                                              |
-|Citrus bacterial canker |//X. citri// pv. //citri// \\ //X. aurantifolii// pathotypes B and C  |[[https://doi.org/10.1094/Phyto-86-95|Hartung (1996)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.68.3.1257-1264.2002|Cubero (2002)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2005.02787.x|Coletta-Filho (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.micres.2005.07.005|Suk Park (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2010.02390.x|Kositcharoenkul (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.7717/peerj.7676|Fonseca (2019)]] |[[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.1.61|Mavrodieva (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1333|Cubero (2005)]], \\  [[https://doi.org/10.1186/s12866-020-01972-8|Robène (2020)]] |[[https://doi.org/10.1186/1471-2180-10-176|Rigano (2010)]] |
+| Citrus bacterial canker                                         | //X. citri// pv. //citri// \\ //X. aurantifolii// pathotypes B and C                                                       | [[https://doi.org/10.1094/Phyto-86-95|Hartung (1996)]], \\  [[https://doi.org/10.1128/AEM.68.3.1257-1264.2002|Cubero (2002)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2005.02787.x|Coletta-Filho (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.micres.2005.07.005|Suk Park (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2010.02390.x|Kositcharoenkul (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.7717/peerj.7676|Fonseca (2019)]]               | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO.2004.94.1.61|Mavrodieva (2004)]], \\ [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-1333|Cubero (2005)]], \\ [[https://doi.org/10.1186/s12866-020-01972-8|Robène (2020)]]                   | [[https://doi.org/10.1186/1471-2180-10-176|Rigano (2010)]], \\ [[https://doi.org/10.3390/microorganisms10061153|Webster (2022)]]                                                                                                             |
-|Bacterial spot of stone fruits, walnut blight, hazelnut blight |//X. arboricola// pvs. //pruni//, //corylina// and //juglandis//   |[[https://doi.org/10.1007/s12275-010-0072-3|Park (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-10-16-1481-RE|Fernandes (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.03.003|Jouen (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s42161-020-00505-6|Webber (2020)]] |[[https://doi.org/10.1128/AEM.01593-10|Palacio-Bielsa (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.00573|Garita-Cambronero (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-12-18-2253-RE|Martins (2019)]] |[[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2012.02654.x|Bühlmann (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.07.2019.0197|Li (2021)]] |
+| Bacterial spot of stone fruits, walnut blight, hazelnut blight  | //X. arboricola// pvs. //pruni//, //corylina// and //juglandis//                                                           | [[https://doi.org/10.1007/s12275-010-0072-3|Park (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-10-16-1481-RE|Fernandes (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.03.003|Jouen (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s42161-020-00505-6|Webber (2020)]]                                                                                                                                                                           | [[https://doi.org/10.1128/AEM.01593-10|Palacio-Bielsa (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.00573|Garita-Cambronero (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-12-18-2253-RE|Martins (2019)]]    | [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2012.02654.x|Bühlmann (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.07.2019.0197|Li (2021)]]                                                                                                          |
-|Bacterial leaf blight and bacterial leaf streak of rice |//X. oryzae// pvs. //oryzae// and //oryzicola//   |[[https://doi.org/10.1007/s002530100641|Sakthivel (2001)]], \\  [[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/18852502/|Kang (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-3-0311|Lang (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-06-10-0399|Cho (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/S2095-3119(12)60047-1|Shen (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.00791|Singhal (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jam.13094|Cui (2016)]] |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-06-10-0399|Cho (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2012.04.014|Kang (2012)]] |[[https://doi.org/10.1128/AEM.00274-14|Lang (2014)]] |
+| Bacterial leaf blight and bacterial leaf streak of rice         | //X. oryzae// pvs. //oryzae// and //oryzicola//                                                                            | [[https://doi.org/10.1007/s002530100641|Sakthivel (2001)]], \\  [[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/18852502/|Kang (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-94-3-0311|Lang (2010)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-06-10-0399|Cho (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/S2095-3119(12)60047-1|Shen (2012)]], \\  [[https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.00791|Singhal (2015)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jam.13094|Cui (2016)]]  | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-06-10-0399|Cho (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2012.04.014|Kang (2012)]]                                                                                        | [[https://doi.org/10.1128/AEM.00274-14|Lang (2014)]]                                                                                                                                                                                         |
-|Bacterial spot of tomato and sweet pepper |//X. euvesicatoria// pvs. //euvesicatoria// and //perforans//, \\ //X. hortorum// pv. //gardneri//, \\ //X. vesicatoria//   |[[https://doi.org/10.1111/j.1472-765X.2009.02690.x|Moretti (2009)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2012.05431.x|Araújo (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s10658-013-0225-4|Araújo (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2012.08.008|Beran (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.2009.808.13|Koenraadt (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2019.104978|Pečenka (2020)]] |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-15-1085-RE|Strayer (2016)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2019.104978|Pečenka (2020)]] |[[https://doi.org/10.1038/s41598-018-32295-4|Larrea-Sarmiento (2018)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-03-18-0101-R|Strayer-Scherer (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms8091301|Stehlíková (2020)]] |
+| Bacterial spot of tomato and sweet pepper                       | //X. euvesicatoria// pvs. //euvesicatoria// and //perforans//, \\ //X. hortorum// pv. //gardneri//, \\ //X. vesicatoria//  | [[https://doi.org/10.1111/j.1472-765X.2009.02690.x|Moretti (2009)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2012.05431.x|Araújo (2011)]], \\  [[https://doi.org/10.1007/s10658-013-0225-4|Araújo (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2012.08.008|Beran (2013)]], \\  [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.2009.808.13|Koenraadt (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2019.104978|Pečenka (2020)]]               | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-09-15-1085-RE|Strayer (2016)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.cropro.2019.104978|Pečenka (2020)]]                                                                              | [[https://doi.org/10.1038/s41598-018-32295-4|Larrea-Sarmiento (2018)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-03-18-0101-R|Strayer-Scherer (2019)]], \\  [[https://doi.org/10.3390/microorganisms8091301|Stehlíková (2020)]]                   |
-|Bacterial angular leaf spot of strawberry |//X. fragariae//   |[[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.1997.439.136|Hartung (1997)]], \\  [[https://agris.fao.org/agris-search/search.do?recordID=IT2001060012|Cruz (1999)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2004.04.002|Stöger (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2338.2005.00812.x|Moltmann (2005)]] |[[https://doi.org/10.1094/PHYTO-98-3-0359|Turechek (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2007.01813.x|Vandroemme (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.2009.842.44|Cubero (2009)]] |[[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0147122|Wang (2016)]], [[https://doi.org/10.1111/ppa.12665|Gétaz (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-10-19-2248-RE|Wang (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jph.12900|Immanuel (2020)]] |
+| Bacterial angular leaf spot of strawberry                       | //X. fragariae//                                                                                                           | [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.1997.439.136|Hartung (1997)]], \\  [[https://agris.fao.org/agris-search/search.do?recordID=IT2001060012|Cruz (1999)]], \\  [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2004.04.002|Stöger (2004)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2338.2005.00812.x|Moltmann (2005)]]                                                                                                                                     | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-98-3-0359|Turechek (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2007.01813.x|Vandroemme (2008)]], \\  [[https://doi.org/10.17660/ActaHortic.2009.842.44|Cubero (2009)]]  | [[https://doi.org/10.1371/journal.pone.0147122|Wang (2016)]], [[https://doi.org/10.1111/ppa.12665|Gétaz (2017)]], \\  [[https://doi.org/10.1094/PDIS-10-19-2248-RE|Wang (2020)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/jph.12900|Immanuel (2020)]]  |
-|Bacterial blight of anthurium and other aroids |//X. phaseoli// pv. //dieffenbachiae//   |[[https://doi.org/10.1007/s10658-005-7062-z|Khoodoo (2005)]], \\ [[https://doi.org/10.1128/AEM.72.2.1072-1078.2006|Robène-Soustrade (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/ppa.12083|Chabirand (2014)]] |[[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.03.003|Jouen (2019)]] |[[https://doi.org/10.1007/s10658-015-0653-4|Jun-Hai (2015)]] |
+| Bacterial blight of anthurium and other aroids                  | //X. phaseoli// pv. //dieffenbachiae//                                                                                     | [[https://doi.org/10.1007/s10658-005-7062-z|Khoodoo (2005)]], \\ [[https://doi.org/10.1128/AEM.72.2.1072-1078.2006|Robène-Soustrade (2006)]], \\  [[https://doi.org/10.1111/ppa.12083|Chabirand (2014)]]                                                                                                                                                                                                                                     | [[https://doi.org/10.1016/j.mimet.2019.03.003|Jouen (2019)]]                                                                                                                                                    | [[https://doi.org/10.1007/s10658-015-0653-4|Jun-Hai (2015)]]                                                                                                                                                                                 |
-|Bacterial leaf spot of poinsettia |//X. axonopodis// pv. //poinsetticola//   |[[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.04.2015.0049|Back (2015)]] |  NA  |  NA  |
+| Bacterial leaf spot of poinsettia                               | //X. axonopodis// pv. //poinsetticola//                                                                                    | [[https://doi.org/10.5423/PPJ.OA.04.2015.0049|Back (2015)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  |  NA                                                                                                                                                                                                             |  NA                                                                                                                                                                                                                                          |
-|Bacterial leaf streak |//X. translucens// pv. //translucens//   |[[https://doi.org/10.1111/j.1365-2338.1995.tb01459.x|Maes (1995)]] |  NA  |[[https://doi.org/10.1094/PHYTO-08-16-0286-R|Langlois (2017)]] |
+| Bacterial leaf streak                                           | //X. translucens// pv. //translucens//                                                                                     | [[https://doi.org/10.1111/j.1365-2338.1995.tb01459.x|Maes (1995)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           |  NA                                                                                                                                                                                                             | [[https://doi.org/10.1094/PHYTO-08-16-0286-R|Langlois (2017)]]                                                                                                                                                                               |
-|Common blight of bean |//X. phaseoli// pv. phaseoli, \\ //X. citri// pv. //fuscans//   |[[https://doi.org/10.1094/Phyto-86-361|Audy (1996)]] |  NA  |[[https://doi.org/10.1094/PDIS-02-19-0325-RE|De Paiva (2020)]] |
+| Common blight of bean                                           | //X. phaseoli// pv. phaseoli, \\ //X. citri// pv. //fuscans//                                                              | [[https://doi.org/10.1094/Phyto-86-361|Audy (1996)]]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         |  NA                                                                                                                                                                                                             | [[https://doi.org/10.1094/PDIS-02-19-0325-RE|De Paiva (2020)]]                                                                                                                                                                               |
 <sup>1</sup>  qPCR: quantitative real-time PCR; <sup>2</sup>  IA: isothermal amplification: <sup>3</sup>  NA: not applicable.
@@ Line 141: / Line 141: @@
 Webber JB, Putnam M, Serdani M, Pscheidt JW, Wiman NG, Stockwell VO (2020). Characterization of isolates of //Xanthomonas arboricola// pv. //corylina//, the causal agent of bacterial blight, from Oregon hazelnut orchards. J. Plant Pathol. 102: 799-812. DOI: [[https://doi.org/10.1007/s42161-020-00505-6|10.1007/s42161-020-00505-6]]
+Webster J, Kehoe MA, Nogarotto E, Falconer L, Donovan NJ, Chapman TA (2022). Using genomics to design a pathovar-specific loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay, for the improved detection of //Xanthomonas citri// pv. //citri//. Microorganisms 10: 1153. DOI: [[https://doi.org/10.3390/microorganisms10061153|10.3390/microorganisms10061153]]
+Zhu Z, Li R, Zhang H, Wang J, Lu Y, Zhang D, Yang L (2022). PAM-free loop-mediated isothermal amplification coupled with CRISPR/Cas12a cleavage (Cas-PfLAMP) for rapid detection of rice pathogens. Biosens. Bioelectron. 204: 114076. DOI: [[https://doi.org/10.1016/j.bios.2022.114076|10.1016/j.bios.2022.114076]]
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